در پانزدهم جولای سال ۲۰۰۲ تقویم مشترک و پسا فیصله های تاریخی لویه جرگه اضطراری، داکتر سیما سمر به صورت رسمی کار خود را بعنوان نخستین رئیس کمیسیون مستقل حقوق بشر افغانستان در کابل آغاز نمود. این نهاد ملی بر اساس مفاد توافقنامه بن و به فرمان حامد کرزی رئیس دولت انتقالی، جهت نظارت بر وضعیت حقوق بشر، اعادۀ حقوق زنان و بررسی جرایم جنگی گذشته ایجاد شده بود. آغاز به کار این کمیسیون گام حقوقی بسیار بزرگی برای جلب اعتماد جامعه بین المللی و نهادینه سازی ارزشهای مدنی در کشور پنداشته میشد. داکتر سیما سمر در نخستین بیانیه خود بر لزوم حاکمیت قانون و حمایت از قربانیان جنگ تأکید جدی کرد. این رویداد آغازگر تحولات جدیدی در ساختار قضائی و مدنی پسا سقوط رژیم طالبان در کشور بود.